生物顯微鏡用于學校，醫院，廣泛應用于生物，病理，細菌，組織，免疫，遺傳等教學，臨應實驗的領域，放大倍數一般在40X-1600X。

金相顯微鏡主要是反射光源，工業上用的多一些，觀察不透明的物體。生物顯微鏡是透射光源，主要用于細胞觀察或透明及半透明物體的觀察，看不透明物體的輪廓時也可以用。

金相顯微鏡用于工業。主要觀察金屬，巖礦等的內部組織，及半導體，電子工業進行晶體，集成電路的檢驗和科學研究。放大倍數一般在40X-800X。

金相顯微鏡就是普通的光學顯微鏡，可以加一些輔助的功能，例如明場、暗場、偏光、微分干涉等很多。金相顯微鏡主要是觀察普通金相樣品的，正因為名字不一樣是因為它觀察的樣品不一樣，金屬材料等需要金相檢測的用金相顯微鏡，顯微鏡的大框架都是一樣，就是小附件不同，所以效果不同。